Han pasado dos años desde que Mystery Inc. se viera obligada a cerrar debido a las diferencias surgidas entre los miembros del equipo. Ahora, una misteriosa llamada vuelve a unir a sus miembros, el famoso gran danés Scooby-Doo y sus avispados amigos Fred, Daphne, Shaggy y Velma, para que investiguen una serie de incidentes de posible origen paranormal en "Spooky Island", un popular centro turístico. Emile Mondavarious, su propietario, teme que estos incidentes puedan asustar a los muchos jóvenes y universitarios que suelen frecuentar la zona y lo que eso podría suponer a sus arcas. Y aunque al principio los antaño amigos y detectives no parecen estar muy por la labor de solucionar sus rencillas y desacuerdos, pronto dejan a un lado sus diferencias y comienzan a investigar el misterio que se esconde tras los extraños sucesos…
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