Una joven agente del FBI ha desaparecido. El padre Joseph asegura que tiene datos sobre el suceso gracias a unas visiones. Las extrañas circunstancias en las que se desarrollan los hechos, hacen que el FBI recurra a los servicios del ex agente Fox Mulder. Para ello, entran en contacto con la doctora Dana Scully, quien ejerce la medicina en un hospital religioso. Ella es la única que conoce el paradero de Mulder, quien vive retirado después de que el FBI lo repudiara. Finalmente, ambos acaban involucrados en un caso que se complica por momentos.