Misterios de Lisboa nos arrastra en un auténtico torbellino de aventuras y desventuras, de coincidencias y revelaciones, de sentimientos y pasiones violentas, de venganzas, de historias de amor para vivir un accidentado viaje a través de Portugal, Francia, Italia y también Brasil. En esta Lisboa de intrigas e identidades ocultas, nos cruzamos con una galería de personajes que están vinculados en cierta manera al destino de Pedro da Silva, un huérfano interno en un colegio. El padre Dinis, un descendiente de aristócrata libertinos convertido en justiciero; una condesa corroída por los celos y con sed de venganza; un pirata sanguinario convertido en un próspero hombre de negocios.
Todos estos y muchos más personajes se pasean por la historia del siglo XIX y acompañan a nuestro protagonista en la búsqueda de su verdadera identidad.