Matilda (Mara Wilson) es una extraordinaria niña, de una inteligencia prodigiosa. Desgraciadamente, sus padres, Harry y Zinnia Wormwood (Danny DeVito y Rhea Perlman) no se dan cuenta de este hecho. Están demasiado acupados en sus pequeños quehaceres cotidianos e ignoran que su pequeña hija está completamente enamorada de los libros y la cultura, y de que tiene inmensos deseos de aprender cosas nuevas. Cuando los Wormwood conceden por fin a su hija el deseo de ir al colegio, la envían a una inhóspita escuela-prisión donde todos sus alumnos viven atemorizados bajo el látigo de una horrible directora, Agatha Truncbull (Pam Ferris).