El film supone un nuevo comienzo con respecto a las películas anteriores, y retoma la historia desde el principio. Así, arranca con Bruce Wayne niño, cuando es testigo pasivo del cruel asesinato de sus padres, a manos de un delincuente callejero. Atendido por su mayordomo, Wayne crece obsesionado con vengarse. Cerca de su mansión descubre una cueva, poblada por murciélagos. Y ya hecho un mozo, Wayne emprende un largo viaje para adquirir experiencia vital, y acaba en el Himalaya, donde recibe clases del enigmático Ducard, experto en varias disciplinas físicas y mentales. Y aunque un siniestro grupo, la Liga de las Sombras, intenta reclutarle, Wayne acaba volviendo a Gotham; encuentra allí una ciudad en decadencia, donde impera el crimen. Gracias a un aliado en la empresa familiar, Wayne se provee de diversas inventos que le permiten convertirse en Batman, un justiciero enmascarado que tratará de detener a los hombres de Carmine Falcone, capo mafioso, y al Espantapájaros, un siniestro asesino.